Il Laboratorio di Calcolo del dipartimento nasce agli inizi degli anni ottanta per iniziativa del Prof. Giuseppe Gambolati e si sviluppa ed aggiorna continuamente sotto la sua supervisione e quella dei suoi più stretti collaboratori. In principio il laboratorio era composto da alcuni terminali interattivi che tramite collegamento modem permettevano l'utilizzo del calcolatore IBM 4341 del centro di calcolo del CNUCE di Pisa. Successivamente, dopo l'acquisto da parte dell'Ateneo padovano dell'elaboratore IBM 4341, a tali terminali, collegati all'IBM 4341, si affiancava una stazione grafica Tektronix-RPQ-IBM 3274 ad alta risoluzione per la visualizzazione scientifica dei risultati numerici. E' nel 1989 che il laboratorio si dota di un mainframe IBM 9373 e delle prime due workstation di fascia media. Da allora il laboratorio si sviluppa contestualmente all'avanzamento tecnologico degli elaboratori elettronici. Al mainframe IBM si sono aggiunte numerose workstation e postazioni di lavoro che vengono continuamente aggiornate.

Il laboratorio è costituito da un cluster di workstation avanzate, tra cui una DEC Alpha 600, da 512 Mb RAM, particolarmente adatte per il calcolo numerico intensivo, che permettono una potenza di calcolo teorica aggregata di quasi un Gflops (un miliardo di operazioni al secondo). Assieme ad alcuni gruppi di ricerca del Dipartimento di Fisica, il Laboratorio ha accesso a un supercalcolatore parallelo COMPAQ con 10 processori e 7.5 Gbyte di memoria RAM, che da solo raggiunge una potenza di calcolo di oltre 10 Gflops. Una workstation SGI Indigo II Extreme dedicata alla grafica tridimensionale completa le apparecchiature di calcolo scientifico. Il laboratorio di calcolo comprende inoltre alcuni personal computer dedicati alla gestione di servizi diversi, quali masterizzazione di CDROM e digitalizzazione fino al formato A0. I servizi di stampa centralizzata comprendono una stampante laser a colori con risoluzione di 1200 dpi, e due stampanti laser bianco nero a 600 dpi.

Il laboratorio mette a disposizione degli afferenti al dipartimento, dei laureandi e dei dottorandi servizi informatici e di calcolo completi, ha in carico i computer presenti nel dipartimento, e mantiene la connessione remota con il Centro di Calcolo di Ateneo e con il resto della rete Internet. Le risorse del laboratorio sono condivise tra tutti i personal computer e le stazioni del dipartimento, e sono accessibili da tutti gli utenti tramite la rete interna ed un servizio di accesso remoto dalla rete telefonica pubblica tramite modem.

Il laboratorio di calcolo del Dipartimento ha consentito l'esecuzione di studi e progetti di interesse sia nazionale che internazionale. Negli anni 80 vennero sviluppati gli studi modellistici relativi alla gestione delle risorse idriche sotterranee della Regione Friuli-Venezia Giulia per conto del governo regionale, gli studi di simulazione e previsione della subsidenza causata a Ravenna dagli emungimenti delle acque di falda e dalla produzione di gas metano dal giacimento di Ravenna Terra per conto del comune di Ravenna e gli studi di controllo della qualità delle acque nell'acquifero di Gioia Tauro, minacciata dall'intrusione salina conseguente ad operazioni di "dewatering" per la costruenda centrale termica per conto dell'ENEL. Negli anni 90 l'accresciuta potenza di calcolo del laboratorio ha permesso di affrontare progetti ancora più impegnativi. Tra questi segnaliamo i nuovi modelli numerici realizzati per simulare la propagazione degli effetti di inquinamento in falda delle polveri di carbone depositate in superficie presso le centrali termiche dell'ENEL e per prevedere l'abbassamento del suolo sul litorale di Ravenna sopra i giacimenti di Dosso degli Angeli, Porto Corsini e Angela-Angelina per conto della Municipalità di Ravenna. Tra i progetti internazionali ricordiamo gli ultimi tre, finanziati dalla Unione Europea nel quadro dei programmi di ricerca denominati Ambiente, Avicenna e Inco-Copernicus. Nel programma Ambiente è stato completato il progetto CENAS che ha studiato l'evoluzione, nei prossimi 100 anni, della linea di costa dell'Alto Adriatico per effetto dell'innalzamento atteso del medio mare, della subsidenza naturale ed antropica, dello "sturm surge" e del moto ondoso, ed il ridotto ripascimento del litorale. Il progetto Avicenna, tuttora in corso, riguarda la simulazione dell'intrusione salina negli acquiferi costieri di Tunisia, Marocco e Striscia di Gaza. Il progetto Inco-Copernicus, sviluppato in collaborazione con Russia ed Ucraina ed in fase di esecuzione, studia il trasporto di inquinanti radioattivi rilasciati in falda dalle discariche di materiale radioattivo della centrale di Majak, lago Karachai, monti Urali e degli inquinanti depositatisi al suolo dopo l'incidente nucleare di Chernobyl in Ucraina. Infine è appena stato completato il progetto riguardante la previsione numerica della subsidenza antropica attesa sul litorale veneziano a seguito della programmata produzione di gas dal giacimento di Chioggia Mare per conto del Ministero dell'Ambiente.